Arabidopsis o verdadeiro mundo!!!

É do conhecimento geral que a Arabidopsis thaliana, uma simples erva daninha é um excelente modelo biológico, o seu genoma é pequeno e está completamente sequenciado, tem um ciclo de vida relativamente rápido (+/- 6 semanas da germinação à semente madura), transformação eficiente com a Agrobacterium tumefaciens, uma imensidão de linhas mutantes e de ferramentas disponíveis na net para avaliar níveis de expressão de determinados genes em relação por exemplo ao stress, a uma hormona, a um eliciador através dos chips de DNA. É um mundo acreditem!
Para vos contar uma parte da história, comecei por fazer download no NASCarrays dos dados referentes à expressão dos genes (cerca de 22000) a partir do AtGenExpress Project referente a alguns tipos de Stress (Osmótico, Secura, Salino…). Após isto tenho perante mim uma folha de Excel com 22000 genes, mais coisa menos coisa, a pergunta agora é o que escolher? Pois bem o meu interesse inicial baseou-se nos que eram Up-regulated e assim seleccionei os que tinham valores de expressão num determinado tempo de exposição ao stress numa proporção de mais de 2 em relação ao controlo, portanto com valores que se destaquem, é necessário ter em conta que valores de expressão abaixo de 400 pixels não são suficiente e podem ter um valor de erro associado muito grande.
Primeiro passo feito. Para cada tempo tenho alguns genes (que podem ser muitos dependendo do caso) onde é necessário seleccionar os mais interessantes, quer do ponto de vista da expressão em si, quer da informação que lhe está associada, genes demasiado documentados, ou mesmo com análise exaustiva do fenótipo não interessam visto que o objectivo é esse, escolher um gene, depois escolher uma linha mutante associada e tentar encontrar um fenótipo associado para depois caracterizar bioquimicamente em relação ao stress que provocou a sobreexpressão desse gene.
Deixo aqui alguns sites onde há ferramentas incríveis de bioinformática:

Genevestigator
Signal T-DNA Express
Tair
Affymetrix

ATTED-II

AGRIS

Como já tenho alguns mutantes, já os estive a "semear" em placa e também já os transpus para a terra, agora é só esperar crescer e verificar a sua homozigotia através do PCR diagnóstico, senão tenho de efectuar cruzamentos.

Ao mesmo tempo vou trabando em Molecular, géis, digestões e PCRs. Primeiro com a região promotora dos genes de interesse realizamos PCR, verificamos a existência de uma só banda com o peso molecular previsto, purificamos, digerimos, e depois vamos "colar" com um plasmídeo o pCambia1303 que já foi digerido e amplificar em E.coli. O objectivo final é poder transformar com a Agrobacteria.